El 23 de marzo de 1994, mientras todos los gobernadores del país se encontraban en una reunión en  el Distrito Federal, convocada por el doctor Jorge Carpizo presidente del IFE. Manlio Fabio Beltrones, en ese entonces gobernador de Sonora, coordinaba una junta de trabajo con el fin de preparar la visita del candidato priista a Sonora, Luis Donaldo Colosio, a quien Manlio conocía desde 1983. En esa mesa de trabajo, se encontraba presente el secretario estatal de ganadería Luis Colosio.
La noticia del atentado en Lomas Taurinas llegó de forma directa. Una vez que Manlio y el doctor Ernesto Rivera Claisse, Secretario de Salud en el gobierno de Beltrones, lograron estabilizar a Luis Colosio entró la llamada de Carlos Salinas de Gortari, entonces presidente de México, quien le dio instrucciones a Manlio Fabio Beltrones de trasladarse a Tijuana, para que diera seguimiento a los acontecimientos e informara a la familia Colosio.
Manlio Fabio Beltrones Rivera había iniciado su carrera política desde 1976, como asistente del entonces Secretario de Gobernación Jesús Reyes Heroles; su buen desempeño le permitió ser promovido a secretario particular, es en ese tiempo que decide dejarse el bigote, para aparentar más edad y seriedad. Con la llegada de Enrique Olivares como titular de la Secretaría de Gobernación mantuvo el puesto de secretario particular, hasta que es elegido diputado por Sonora, para la 52 Legislatura en 1982, teniendo  Manlio 30 años de edad y siendo presidente Miguel de la Madrid.
Se sabe, por declaraciones de Armando López Ferreiro, jefe de seguridad de Beltrones –ante Arturo Germán, fiscal especial del caso Colosio-, que llegar a Tijuana el día del atentado contra Luis Donaldo Colosio, cubierto con la representación presidencial, le permitió a Manlio Fabio que el Procurador General de la República Diego Valadés lo dejara interrogar al asesino del candidato priista, Mario Aburto. Manlio Beltrones fue Subsecretario de Gobierno, Desarrollo Político y Derechos Humanos, bajo las órdenes del Secretario de Gobernación Fernando Gutiérrez Barrios, razón suficiente para que se le considerara apto para interrogar a cualquiera.
En esos días de marzo las cosas para Manlio se complicaron cuando se mencionó su relación con el creador de la Dirección Federal de Seguridad, Fernando Gutiérrez Barrios, tristemente célebre por sus métodos de tortura, espionaje y desaparición. Y fue peor cuando apareció una entrevista en la revista Siempre, hecha a Gutiérrez Barrios antes del asesinato de Colosio, donde se proponía como candidato del PRI. El mismo 23 de marzo de 1994, llegó a la redacción de algunos periódicos, la inserción pagada “Ante la tragedia, opciones jurídicas del PRI”, Fernando Gutiérrez Barrios se beneficiaba de esa publicación. Nunca se ha sabido si solo quisieron involucrar al viejo capitán del ejército -experto en labores de inteligencia-, o hubo participación directa de él en los hechos del 23 de marzo de 1994.
Un punto más que puso en la mira a Manlio Fabio, como alguien que sabía mucho del atentado en Lomas Taurinas, fue la aparición de una credencial de Alcides Beltrones – administrador del aeropuerto internacional de Tijuana en ese tiempo-, entre las pertenecías de Othón Cortés, de quien se sospechaba era un segundo tirador. Al investigar el carro en que se transportaban Cortés y el general Domiro García Reyes –responsable de la seguridad de Colosio-, se supo que había sido rentado por el mismo Alcides Beltrones. A pesar de lo anterior, no prosperó ninguna averiguación contra el hermano de Manlio.
Fue en los últimos días de marzo de 1994, cuando en su casa de la colonia Florida, en la Ciudad de México, Manlio Fabio Beltrones motivó a los gobernadores del PRI para que por unanimidad respaldaran la candidatura de Ernesto Zedillo, en sustitución de Luis Donaldo Colosio. Ese mismo día se le propuso por primera vez a Manlio ser el presidente nacional del PRI. Dice Beltrones, a quien le gusta leer a Jaime Sabines, Gabriel García Márquez y Carlos Fuentes, que no aceptó por su compromiso de ser el mejor gobernador de Sonora.
Después de su decisión de no ser el presidente del PRI nacional, Manlio Fabio, el aficionado a los Pumas, volvió a Sonora, donde sólo logró un aumento en la pobreza que pasó de un 16 a un 32%. La deuda estatal pasó de 498 millones de pesos a más de 861 millones. Aumentó la inseguridad en Sonora, pues el narcotráfico empezó a transitar grandes cantidades de droga. La trata de personas, el secuestro y la extorsión también fueron en aumento.