Los escándalos familiares también hicieron mella en la reputación del gobernador Beltrones, pues Enésimo López, piloto de Orestes Beltrones, fue detenido por su relación con un cargamento de droga.
De su época de gobernador, en donde la Secretaría de Gobernación otorgó 198 permisos para casas de apuesta en Sonora, se recuerda su frase: ”No quiero saber quién cooperó, sino quien no cooperó”.
El golpe mediático más fuerte contra la administración de Manlio Fabio Beltrones lo dieron los periodistas estadunidenses Sam Dillon y Craig Pyes, quienes el 23 de febrero de 1997 publican en The New York Times un reporte especial donde, después de varios meses de trabajo, acusan a Beltrones de estar protegiendo al narcotraficante Amado Carrillo Fuentes y sus operaciones de narcotráfico. Aseguran los periodistas, “… el Gobernador, Manlio Fabio Beltrones Rivera, participó en reuniones en las que los traficantes entregan pagos para políticos de alto nivel, para que protejan sus operaciones.” Y dicen, “Raúl Salinas de Gortari, el hermano del ex presidente, recibió maletas llenas de dinero en efectivo y era responsable de distribuir el dinero a los asistentes.”
El siguiente párrafo podría explicar el por qué Manlio Fabio no fue tomado en cuenta durante la administración de Ernesto Zedillo, a pesar de haber operado Beltrones la designación de Zedillo como candidato presidencial; dice el reporte publicado por The New York Times: “Funcionarios actuales y anteriores dijeron que la evidencia del papel del señor Beltrones era tan detallada y convincente, que Estados Unidos había incluido su nombre en un documento confidencial proporcionado al equipo de transición del presidente Ernesto Zedillo, una lista con más de una docena de funcionarios sospechosos de corrupción. Otro gobernador mexicano, Jorge Carrillo Olea, también fue incluido en la lista negra estadounidense a causa de nexos reportados con los principales traficantes de drogas”.
“Mientras el señor Zedillo no nombró a ninguno de los dos a un puesto federal, ambos siguen ejerciendo un poder considerable en sus estados, y a nivel nacional a través de su protagonismo en el partido gobernante de México. Ambos parecen gozar de una inmunidad tácita de investigación criminal concertada en México y Estados Unidos.”
Octubre del 2000 traería para Manlio Fabio, un señalamiento más. A Raúl Salinas de Gortari le descubrirían dos identidades falsas, con las cuales se le tramitaron pasaportes, que usaría para realizar movimientos millonarios en Suiza. En la solicitud de pasaporte que “Guillermo Gómez Gutiérrez” hace el 31 de octubre de 1988, con fotografía de Raúl Salinas, en la sección de observaciones, se lee: Senado de la República, Manlio Fabio Beltrones. Y en la solicitud de abril de 1990 que realizó “Manuel Nava Sánchez”, una vez más con la fotografía de Raúl Salinas de Gortari, es la Secretaría de Gobernación, la que aparece como observación, en ese tiempo Manlio fungía como subsecretario de la dependencia. La respuesta a los señalamientos de que Beltrones había facilitado estos documentos a Raúl Salinas, por parte del señalado fue: “no voy a decir nada”. Y tampoco le pasó nada legalmente.
2002 fue el año en que el hijo de Beatriz Beltrones, llamado Manlio Fabio por el gusto de la  señora por la cultura griega y romana (a sus otros dos hijos los llamó Alcides y Orestes) regresa a la política pública cuando es elegido Secretario General de la Confederación Nacional de Organizaciones Populares del PRI. Manlio, licenciado en Economía egresado de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), regresa a la vida política nacional.
En 2003, como parte de los lugares asignados a la CNOP, fue Diputado Federal Propietario por el PRI en la LIX Legislatura, 2003-2006. Le tocó presidir la Mesa Directiva de la Cámara de Diputados al sonorense que gusta de cantar boleros.
Como presidente de la Cámara de Diputados, Beltrones tuvo fuertes diferencias con Vicente Fox, a quien dejó de dirigirle la palabra; y se dio en esa época, el único caso de controversia constitucional entre un Presidente y la Cámara de Diputados por causa del Presupuesto de Egresos de la Federación. Emilio Chuayffet y Elba Esther Gordillo también mantuvieron enfrentamientos con Manlio, sin pasar a mayores.
En agosto de 2005 ante la renuncia de Roberto Madrazo Pintado, se presenta para Manlio su segunda oportunidad de ser presidente nacional del PRI. Una de las versiones que en ese momento circularon fue que Elba Esther Gordillo se opuso a su designación, pasándole la factura de los antiguos pleitos entre los dos. Otra versión habla de más de 10 horas de negociaciones con el entonces gobernador del Estado de México, Arturo Montiel, que no prosperaron pues se oponía terminantemente a que Beltrones obtuviera la presidencia del CEN del PRI. Él dice que prefirió no participar en esa ocasión por la relación que existía con Roberto Madrazo.