Ya instalado Beltrones como Senador de la República Propietario, por el PRI, en la LX -LXI Legislatura (2006-2012), mantuvo sus enfrentamientos con Vicente Fox, aún después de haber dejado Fox la Presidencia.
Con quien sí trabajo en conjunto, sacando reformas que parecían muy difíciles de aprobar, fue con el presidente panista Felipe Calderón. Haciendo mancuerna con Emilio Gamboa en San Lázaro. Manlio logró coordinar a panistas y priistas para aprobar las reformas: hacendaria, pensiones del ISSSTE, electoral, petrolera, financiera, judicial y de seguridad pública. El beneficio logrado con esas reformas todavía se están esperando.
Así pues, llega por fin la tercera oportunidad para el nacido en Villa Juárez, en el municipio de Etchojoa, el 30 de agosto de 1952, Manlio Fabio Beltrones Rivera. Esta vez parece nada impedirá que cumpla uno de sus sueños: ser presidente del CEN del PRI.